来源：水生态所网站
李键庸 所长（任职时间：2017年11月）
党委副书记（任职时间：2017年12月）
万成炎 党委委员、纪委书记、副所长（任职时间：2017年5月）
李德旺 党委委员、副所长（任职时间：2017年5月）
陈小娟 党委委员、副所长（任职时间：2022年01月）
潘晓洁 副所长（任职时间：2022年04月）
张晓敏 总工程师、工会主席（任职时间：2020年11月）
吴生桂 副局级干部（任职时间：2021年6月）
董方勇 副总工程师（任职时间：2008年2月）
黄道明 副总工程师（任职时间：2008年9月）
韩德举 副总工程师（任职时间：2019年12月）